いやドキュメントとか読めばちゃんと書いてあるんですが。

check_ntp_peer
チェック対象ホストと、チェック対象ホストが参照している NTP サーバとの時間のずれを監視する。NTP 的なジッタや stratum も監視できる。普通はこっちを使えばいいはずである。
check_ntp_time
チェック対象ホストと、チェック元ホスト(check_ntp_time を実行するホスト)との時間のずれを監視する。そのため、チェック元ホストの時計が正確であることが必要である。チェック対象ホストの時刻を取得する方法が NTP だというだけであって、それ以外の点は check_time (こちらは time プロトコルを使う)と同じである。
check_ntp (deprecated:非推奨)
チェック対象ホストと、チェック元ホストとの時間のずれを監視する(これは check_ntp_time と同じ)。ジッタも監視できるが、これはチェック対象ホストとチェック対象ホストが参照している NTP サーバとのジッタである(こっちは check_ntp_peer と同じ)。つまり監視内容に一貫性が無く、それゆえ deprecated になったのだと思われる。

両者は監視する内容が異なるので、ちゃんと使い分けが必要です。今までよく分からずに監視してました…

なお、Nagios Plugins 1.4.16 に入っている check_ntp_peer の -m -n オプション(truechimers のチェック)には不等号の向きが逆になっている(truechimers が多いと CRITICAL になる)というバグがあるので使い物になりません。ずっと前からバグってるみたいです。 truechimers のように値が小さい時に CRITICAL にしたい場合は -m 5 などとしたのではダメで、-m 5: とする必要があるようです。(参考

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